مراسم تشییع پیکر مطهر آیت‌الله احمد مجتهدی تهرانی دقایقی پیش در صحن مدرسه عالی شهید مطهری با حضور مقامات لشکری و کشوری و دوستداران آن عالم ربانی برگزار شد.در ابتدای این مراسم پیام تسلیت مقام معظم رهبری قرائت شد و حضار به امامت آیت الله مهدوی کنی بر  بر پیکر آیت الله مجتهدی تهرانی نماز خواندند. 
متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
ارتحال عالم ربانی و معلم اخلاق مرحوم حجة الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ احمد مجتهدی تهرانی رحمة الله علیه را به علمای اعلام و روحانیت معظم تهران و به شاگردان و تربیت شدگان و ارادتمندان این شخصیت روحانی با ارزش و خدمتگزار و بخصوص به خانواده‌ی محترم و بازماندگان ایشان تسلیت می‌گویم.
عمر با برکت این عالم عامل، منشاء خدمات دینی ارزنده‌ای بود که برجسته ترین آن تأسیس و اداره‌ی شایسته‌ی مدرسه‌ای است که در طول ده‌ها سال، محل پرورش علماء و فضلای فراوان بوده و هم اکنون تعدادی از تربیت شدگان در آن، در شمار فضلاء برجسته و عالمان و مجتهدان بزرگوارند.
علم و تقوا و تلاش متعهدانه در تربیت طلاب علوم دینی سه عنصر شاخص در شخصیت این روحانی عالیقدر بود و برکات فراوانی را برای حوزه‌های علمیه به بار آورد. حق عظیم ایشان بر حوزه‌ی علمیه‌ی تهران فراموش نشدنی است.
رحمه الله رحمة واسعه و حشره مع محمد و آله الطاهرین.
سیدعلی خامنه ای